Open Tools and R Packages for Open Science

Mauro Lepore

Hace poco Yanina Bellini Saibene nos recordó actualizar el perfil de Slack: Después de hacer eso, decidí actualizar mis fotos de perfil en el sitio web de rOpenSci, y termine aprendiendo algunos trucos de git que voy a compartir acá.

Trucos de Git para trabajar con repositorios grandes

Yanina Bellini Saibene

Sébastien Rochette

Alejandra Bellini

Lucio Casalla

Steffi LaZerte

Este es el segundo artículo de nuestra serie de entrevistas “Conociendo a las estrellas del universo R”. Nuestro objetivo es presentar a los grupos de trabajo y a las personas que están detrás del desarrollo de software y paquetes que utilizamos y que están disponibles a través del R-Universe.

Aprender, ayudar y compartir. El método de ThinkR para crear una comunidad cada vez más grande y amigable de R

Pachá (aka Mauricio Vargas Sepúlveda)

Resumen censo2017 es un paquete en R diseñado paraorganizar los archivos Redatam

 1

proporcionados por el Instituto Nacional de Estadísticas de Chile en formatoDVD

 2

. Este paquete fue inspirado por citesdb(Noam Ross, 2020) y taxadb(Carl Boettiger et al, 2021).Esta entrada trata sobre este paquete, elproblema que resuelve, cómo usarlo, y el hecho de que el paquete y su proceso derevisión se hicieron íntegramente enespañol.

La Historia de censo2017, el Primer Paquete de rOpenSci Revisado en Español

Maëlle Salmon

Como parte de nuestro proyecto editorial multilingüe y con financiación del Consorcio R hemos trabajado en el paquete R babeldown para traducir contenido basado en Markdown utilizando la API de DeepL.En esta nota técnica, mostraremos cómo puedes utilizar babeldown para traducir un artículo de blog que utiliza Hugo.

Cómo traducir un artículo de blog de Hugo con Babeldown

¡Nos complace abrir la convocatoria para la segunda cohorte de

 Campeonas/es y Mentoras/es

para el Programa de rOpenSci 🎉 ! Este programa continuará apoyando nuestro objetivo de identificar, reconocer y recompensar a los miembros apasionados de la comunidad que ayudan a la comunidad a crecer y mejorar.

¡Convocatoria abierta para la presentación de candidaturas al Programa de Campeonas y Campeones de rOpenSci!

Karthik Ram

Estimada comunidad rOpenSci,  Este es un anuncio un poco agridulce… después de casi 13 años, es hora de que me retire como Director Ejecutivo de rOpenSci. En el verano de 2011 cofundé rOpenSci junto con un grupo de colegas dedicados. Lo que comenzó como una colaboración informal entre entusiastas de la ciencia abierta evolucionó rápidamente hacia algo mucho más significativo.

Del Director Fundador: Mi despedida de rOpenSci

Resumen   Este artículo trata sobre los usos sorprendentes que he observado y las preguntasque recibo sobre el paquete R censo2017, una herramienta paraacceder a los datos del censo chileno de 2017, que he recibido desde que fue revisado por paresa través de rOpenSci hace un año.

Usos interesantes de censo2017 un año después de su publicación

El Universo R es utilizado por profesionales de distintos ámbitos, aunque todos persiguen el mismo objetivo:

 ofrecer sus paquetes de R de manera simple y accesible

. Desde rOpenSci trabajamos para ofrecer herramientas que faciliten el acceso a datos y software de investigación generado con buenas prácticas de desarrollo de software y en una comunidad amigable.

El multiverso de rOpenSci

Juan Pablo Ruiz Nicolini

Corría el año 2015, un estudiante de maestría de Ciencia Política tenía que procesar datos para entregar su tésis y decidió aprovechar la oportunidad para aprender a usar R. Al largo y tortuoso camino del requisito académico se agregó un grado de dificultad extra: incorporar un software de programación desde cero, con una curva de aprendizaje algo empinada.

Divide y venceras: de polar al Polarverse

R es un lenguaje y un entorno para la computación estadística.Existen varias herramientas y enfoques para interactuar con R, pero no todos son accesibles con lectores de pantalla.Esta guía proporciona una visión general de las herramientas y técnicas disponibles para las personas que usan lectores de pantalla en diferentes sistemas operativos, con consejos prácticos y recursos para ayudarles a navegar por el entorno R.Puede que esta guía no esté

Recursos para utilizar R con lectores de pantalla

Twitter es una de las plataformas y redes sociales preferidas por la comunidad de R y por las comunidades de datos, ciencia abierta e investigación. Desde el comienzo de rOpenSci hemos utilizado Twitter para conectarnos con nuestra comunidad y otras comunidades similares, para compartir lo que hacemos y para formar parte de las conversaciones en torno a los temas importantes para nuestra misión.

Canales de comunicación de rOpenSci: Twitter

¿Porqué un programa de Campeones y Campeonas? Estos programas se diseñan para identificar, reconocer y premiar a miembros apasionados de nuestras comunidades. En rOpenSci, reconocemos que existe una consternadora falta de diversidad en el ecosistema de las comunidades de software de investigación y de código abierto. La Comunidad R no es una excepción;

¡Anunciamos el programa de Campeones y Campeonas de rOpenSci!

Noam Ross

Me complace, emociona y llena de humildad anunciar que asumo el cargo de Director Ejecutivo de rOpenSci a partir del 1 de Abril. En primer lugar, permítanme expresar mi gratitud a nuestro Director Ejecutivo saliente y amigo Karthik Ram por su liderazgo y tutoría al frente de rOpenSci durante la última década. Ha sido una mano firme y un visionario que ha ayudado a nuestra comunidad a lograr tanto juntos en este tiempo.

Hola de nuestro nuevo Director Ejecutivo

Elio Campitelli

Marcos Prunello

Pao Corrales

Las personas

 campeonas

de una comunidad son

 personas que asumen una mayor responsabilidad en el éxito, la sostenibilidad y/o el funcionamiento de una comunidad

.

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rOpenSci desarrolla un programa de campeones y campeonas enfocado y pensado para que participen personas que pertenecen a grupos histórica y sistemáticamente excluidos de las comunidades de software abierto y de software de investigación.

Participación  Latinoamérica en el Programa de Campeonas y Campeones de rOpenSci

Un nuevo artículo de nuestra serie de entrevistas “Conociendo a las estrellas del universo R”. Nuestro objetivo es presentar a los equipos y personas que están detrás del desarrollo de software y paquetes que utilizamos y que están disponibles a través del R-universe. Queremos destacar y explorar diferentes equipos y proyectos de todo el mundo, el trabajo que realizan, sus procesos y usuarios.

Conociendo a las estrellas del Universo R: El universo R contra las enfermedades.

Tal como lo anticipamos en noviembre del 2022 los cambios aplicados en Twitter han generado un espacio menos seguro y amigable para nuestra comunidad. Es por eso que a partir de

 Junio de 2023

, dejaremos de interactuar en esa plataforma. Mantendremos la cuenta con la esperanza de poder volver cuando Twitter vuelva a ser un espacio seguro y solidario, pero mientras tanto centraremos nuestros esfuerzos de comunicación en otros lugares.

Los canales de comunicación de rOpenSci para un intercambio seguro y amigable

Conociendo a las estrellas del Universo R: PEcAn, un proyecto de código abierto para cuidar el planeta

Conociendo a las estrellas del Universo R: Investigando nuestro cerebro con la magia del universo R

¡El programa de campeones arrancó con todo este 2023! Nos complace informar sobre los dos primeros meses de nuestro primer programa de campeones y campeonas. En septiembre de 2022 hicimos el lanzamiento del programa, anunciando el llamado a aplicar a personas que quisieran participar. Recibimos un total de 102 solicitudes de 31 países diferentes.

Puntapié inicial de nuestro programa de campeonas y campeones

Jeroen Ooms

Encontrar la herramienta adecuada para el trabajo   Lo más difícil de usar R con eficacia es encontrar los mejores paquetes para el problema que intentas resolver. Creo que esto es incluso, más importante que dominar el lenguaje en sí. Cosa que irás adquiriendo a medida que empieces a utilizar R con más frecuencia.

Descubrir y aprender todo lo que hay que saber sobre los paquetes de R utilizando r-universe

Esta entrada del blog pretende ayudarte a iniciarte en la comunidad rOpenSci destacando algunos links y actividades clave. Si tienes alguna pregunta, no dudes en ponerte en contacto con nuestra Community Manager, Yanina Bellini Saibene por correo electrónico o programa una reunión con ella. Estamos a tu disposición para que comiences tu camino con nuestra comunidad. ¡Te damos la bienvenida! ¿Por dónde empiezo?

Cómo participar en rOpenSci

En rOpenSci, creamos y curamos software para ayudar a quienes hacen ciencia en el ciclo de vida de los datos. Estas herramientas acceden, descargan, gestionan y archivan datos científicos de forma abierta y reproducible. Desde el principio, nos dimos cuenta de que esto sólo podía ser un esfuerzo comunitario.

Cómo rOpenSci utiliza la revisión de código para promover la ciencia reproducible

Nos agrada anunciar que, con el aporte de Chan Zuckerberg Initiative, NumFOCUS y R Consortium, estamos comenzando el proceso de traducir los materiales de rOpenSci sobre buenas prácticas de desarrollo de software, revisión de código y contribución a proyectos de código abierto al español.Como parte de este esfuerzo, también estamos desarrollando guías y herramientas para traducir recursos de código abierto y alcanzar una mayor audiencia.

Agrandando nuestra comunidad con publicaciones multi-idioma

Los procesos de revisión de software y revisión de software estadístico que realizamos en rOpenSci dependen del trabajo voluntario de quienes realizan estas tareas de revisión y edición.El equipo editorial gestiona el flujo diario de envíos, recluta personas para revisar y guía el proceso de revisión por pares de principio a fin.

Desafíos y soluciones editoriales en la revisión por pares de software

Durante useR! 2021 Jeroen Ooms presentó el proyecto universo R en su

 keynote

.Comentó sobre el proyecto, los casos de uso y repasó las instrucciones para crear tu propio

 universo-r

. En este post the explico como crear el tuyo a partir de la experiencia de crear el mio.

Creando Tu R-universe

Nos complace anunciar el nuevo Grupo de Trabajo de Documentación Multilingüe del R Consortium.Este Grupo de Trabajo surgió luego de varias conversaciones durante el R Project Sprint 2023 y supervisará la implementación del soporte de documentación multilingüe en R y organizará los esfuerzos de traducción de la comunidad.Nuestro primer proyecto es el paquete (experimental)

 rhelpi18n

que añade soporte en R para el uso de

Documentación multilingüe en paquetes de R

Las orientaciones de la Revisión por Pares de Software de rOpenSci se compilan en un libro en línea que sigue mejorando.Esta articulo de blog resume las novedades de nuestra Guía de Desarrollo 0.9.0, con todos los cambios enumerados en la sección registro de cambios.¡Ahora disponible en español!

rOpenSci Dev Guide 0.9.0: ¡Ahora multilingüe! Y mejor

Esta es la primera entrega de nuestra serie de entrevistas

 “Conociendo a las estrellas del universo R”

. Tenemos como objetivo introducir los grupos de trabajo y las personas que están detrás del desarrollo del software y paquetes que muchos utilizamos y que se encuentran disponibles en

 R-Universe

. Queremos resaltar y conocer diferentes proyectos alrededor del mundo, el trabajo que hacen, sus procesos y usuarios.

Conociendo a las estrellas del universo R: comunidad R, intercambiar y aprender

¡Hola! Soy Yanina Bellini Saibene, tu nueva Community Manager. Estoy muy entusiasmada de unirme a rOpenSci con este rol y así poder apoyar un proyecto tan importante en la ciencia abierta y en la Comunidad R.  Cuando vi la convocatoria para el puesto, pensé que mis más de 20 años de experiencia trabajando en comunidades, siendo profesora e investigadora se alineaban perfectamente.

Presentamos a la nueva Community Manager de rOpenSci, Yanina Bellini Saibene

rOpenSci - herramientas abiertas para una ciencia abierta

Nos complace anunciar el nuevo [Grupo de Trabajo de Documentación
Multilingüe del R
Consortium](https://github.com/RConsortium/multilingual-documentation-wg).Este
Grupo de Trabajo surgió luego de varias conversaciones durante el [R
Project Sprint
2023](https://contributor.r-project.org/r-project-sprint-2023/) y
supervisará la implementación del soporte de documentación multilingüe
en R y organizará los esfuerzos de traducción de la comunidad.Nuestro
primer proyecto es el paquete (experimental)
[**rhelpi18n**](https://github.com/eliocamp/rhelpi18n) que añade soporte
en R para el uso de documentación multilingüe.

¿Quieres leer la documentación de `base::mean()` (parcialmente) en
español?Instala [rhelpi18n](https://github.com/eliocamp/rhelpi18n) y el
módulo de traducción de ejemplo base.es:

::: {.highlight}
``` {.chroma tabindex="0"}
# install.packages("pak")pak::pak(c("eliocamp/rhelpi18n", "eliocamp/base.es"))
```
:::

Y luego ejecuta este código:

::: {.highlight}
``` {.chroma tabindex="0"}
library(rhelpi18n)Sys.setenv(LANGUAGE = "es")help(mean) 
```
:::

``` {tabindex="0"}
Media AritméticaDescription: Función genérica para la media aritmética (recortada)Usage: mean(x, ...) ## Default S3 method: mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...) Arguments: x: an R object. Currently there are methods for numeric/logical vectors and date, date-time and time interval objects. Complex vectors are allowed for 'trim = 0', only. trim: la fracción (0 a 0.5) de observaciones para ser recordatas del final de \codex antes de computar la media. Valores de trim pro fuera de ese rango se consideran al punto más cercano. na.rm: un valor lógico que evalua a 'TRUE' o 'FALSE' indicando si valores 'NA' deben ser removidos antes de realizar el cómputo. ...: further arguments passed to or from other methods.... (27 more lines)
```

¡Hermoso!Esto debería funcionar en cualquier consola R o IDE.

## ¿Por qué harías esto?

Aunque el inglés es la lengua internacional de facto, existen
[ventajas](https://ropensci.org/multilingual-publishing/) de incluir
recursos en diferentes idiomas.Al reducir las barreras lingüísticas,
acabamos teniendo una comunidad más grande, fuerte y creativa, con más
ideas y recursos.Esta hegemonía del inglés se refleja en R por el uso
del inglés en su documentación, como las páginas de ayuda, los nombres
de las funciones y los nombres de los argumentos (¿por qué usar `mean()`
en lugar de `Mittelwert()`?).

La documentación de los paquetes *puede* escribirse en cualquier idioma,
y CRAN admite documentación en otros idiomas utilizando el campo
"Language" (Idioma) ^[1](#fn:1){.footnote-ref role="doc-noteref"}^ .Pero
aún así, la gran mayoría de los paquetes están documentados en inglés y
hay [un pequeño número de paquetes documentados en otros
idimas](https://cderv.rbind.io/2018/03/11/non-english-pkg-in-cran/)
aparentemente para llegar más fácilmente a su público objetivo.Por
ejemplo, el paquete
[labstatR](https://cran.r-project.org/web/packages/labstatR/index.html)
sirve de complemento al libro italiano "Laboratorio Di Statistica Con R"
y está parcialmente documentado en italiano (utiliza nombres de
funciones y argumentos en inglés).Del mismo modo,
[chilemapas](https://cran.r-project.org/web/packages/chilemapas/chilemapas.pdf)
proporciona mapas simplificados para Chile, con documentación completa
en español, incluidos los nombres de las funciones.rOpenSci
[censo2017](https://docs.ropensci.org/censo2017/) por [Mauricio
Vargas](/author/pach%C3%A1-aka-mauricio-vargas-sep%C3%BAlveda/) también
está totalmente documentado en español.

Aunque estos paquetes son más accesibles para su público principal, son
mucho menos accesibles para la comunidad en general.Quienes que no
dominan el idioma pueden tener dificultades para descubrir y utilizar
las funciones que ofrecen estos paquetes.Quienes desarrollan esto
paquetes se enfrentan al dilema de hacer que su paquete sea inaccesible
para su público objetivo o aislarlo del resto del ecosistema de R.

Se trata de un problema difícil que no tiene solución fácil.Surge
periódicamente en el Slack de rOpenSci, así como en otros espacios de R,
como Stack Overflow.El desarrollador del paquete
[utilsIPEA](https://cran.r-project.org/web/packages/utilsIPEA/index.html)
expresó [la necesidad de documentación
bilingüe](https://stackoverflow.com/questions/37288823/bilingual-english-and-portuguese-documentation-in-an-r-package)
reconociendo que su paquete sería utilizado tanto por personas de
Brasil, que podrían preferir la documentación en portugués, como por la
comunidad internacional en general.Al menos equipos de desarrollo de
paquetes han intentado resolver este dilema documentando su paquete en
inglés y publicando una segunda versión documentada en otro idioma:
[ExpDes](https://cran.r-project.org/web/packages/ExpDes/index.html) y
[ExpDes.pt](https://cran.r-project.org/web/packages/ExpDes.pt/index.html)
así como
[orloca](https://cran.r-project.org/web/packages/orloca/index.html) y
[orloca.es](https://cran.r-project.org/web/packages/orloca.es/index.html).El
paquete
[karel](https://cloud.r-project.org/web/packages/karel/index.html) tiene
dos conjuntos de funciones, uno con nombres y documentación en inglés y
otro en español.

Ambas son medidas paliativas que llevan al límite lo que se puede hacer
con R en términos de funcionalidad multilingüe.Además, como estas
soluciones no son nativas, pueden resultar difíciles de mantener y no
son escalables.

Por eso presentamos el paquete experimental **rhelpi18n**
^[2](#fn:2){.footnote-ref role="doc-noteref"}^.Este paquete es un banco
de pruebas para implementar un soporte robusto para la documentación
multilingüe con el objetivo de integrarlo en R una vez que madure.Para
leer la documentación traducida, hay que cargar rhelpi18n e instalar
módulos de traducción creados por la comunidad.

## Bueno, pero ¿cómo?

En nuestro ejemplo anterior, los textos traducidos se alojan en base.es,
un módulo de traducción.Se trata de un paquete normal con campos
especiales en la DESCRIPTION que especifican qué paquete y versión se
está traduciendo y a qué idioma.Actualmente, las cadenas traducidas se
implementan como una lista con la cadena original y la traducción de
cada sección de la documentación, pero también estamos estudiando
implementarlo con archivos .po tradicionales, que es el mecanismo
utilizado por R para traducir mensajes y errores.

El paquete rhelpi18n modifica `utils:::.getHelpFile()` que utilizan
todas las funciones de ayuda para obtener el texto de la
documentación.Añade unas pocas líneas de código que buscan si existen
módulos de traducción relevantes (como base.es) y sustituyen el texto
original por su traducción.

Además de presentar la documentación traducida, rhelpi18n proporciona
herramientas para que las personas que desarrollan creen nuevos módulos
de traducción.

Por ejemplo, el siguiente código crea un módulo de traducción básico
para el paquete glue, incluyendo todas las funcionalidades y texto que
necesita traducción.

::: {.highlight}
``` {.chroma tabindex="0"}
dir <- file.path(tempdir(), "glue.es")rhelpi18n::i18n_module_create(module_name = "glue.es", package_path = glue_dir, # Carpeta con la copia local del código fuente de glue language = "es", module_path = dir)
```
:::

Ahora el trabajo pesado es ir al subdirectorio "translations" y traducir
el texto guardado (por ahora) como archivos YAML.Por ejemplo, el archivo
de traducción para `glue::as_glue()` es:

``` {tabindex="0"}
title: original: Coerce object to glue translation: ~arguments: x: original: object to be coerced. translation: ~ '...': original: further arguments passed to methods. translation: ~value: original: | A character vector with S3 class \code{"glue"}. translation: ~description: original: | A glue object is a character vector with S3 class \code{"glue"}. The \code{"glue"} class implements a print method that shows the literal contents (rather than the string implementation) and a \code{+} method, so that you can concatenate with the addition operator.... (16 more lines)
```

Una posible (y superficial) traducción sería

``` {tabindex="0"}
title: original: Coerce object to glue translation: Convertir un objeto a gluearguments: x: original: object to be coerced. translation: objeto a convertir. '...': original: further arguments passed to methods. translation: otros argumentos que se pasan a los métodos.value: original: | A character vector with S3 class \code{"glue"}. translation: | Vector de caracter con la clase S3 \code{"glue"}.description: original: | A glue object is a character vector with S3 class \code{"glue"}. The \code{"glue"} class implements a print method that shows the literal contents (rather than the string implementation) and a \code{+} method, so that you can concatenate with the addition operator. translation: | Un objeto glue es un vector de caracteres con la clase S3 \code{"glue"}. La clase \code{"glue"} implementa un método de impresión que muestra los contenidos literales (en vez de la implementación como cadena de caracteres) y un método \code{+} para que puedas concatenar usando el operador de sumatoria.examples: original: | x <- as_glue(c("abc", "\"\\\\", "\n")) x... (11 more lines)
```

Tras modificar "as_glue.yaml" e instalar el paquete, ahora la
documentación está en español .

::: {.highlight}
``` {.chroma tabindex="0"}
library(glue)help(as_glue)
```
:::

``` {tabindex="0"}
Convertir un objeto a glueDescription: Un objeto glue es un vector de caracteres con la clase S3 '"glue"'. La clase '"glue"' implementa un método de impresión que muestra los contenidos literales (en vez de la implementación como cadena de caracteres) y un método '+' para que puedas concatenar usando el operador de sumatoria.Usage: as_glue(x, ...) Arguments: x: objeto a convertir. ...: otros argumentos que se pasan a los métodos.... (13 more lines)
```

¡Increíble!

## Próximos pasos

El proyecto está en sus primeras fases por lo que las cosas cambian
rápido.Aún estamos experimentando con distintas formas de almacenar las
traducciones y de aplicar sustituciones de texto.También tiene varias
limitaciones, como que aún no traduce los encabezados de sección.También
queremos añadir una indicación clara de que el texto es una traducción y
una forma conveniente de acceder rápidamente a la versión original.Parte
del flujo de trabajo de las traducciones suele consistir en traducciones
automáticas que posteriormente revisa una persona.Por ello, estamos
considerando la posibilidad de añadir metadatos a las cadenas para
señalar los casos de traducciones automáticas que no han sido revisadas
por una persona o las traducciones que podrían estar ligeramente
desactualizadas (¡sería una pena no mostrar una traducción porque
alguien arregló un pequeño error de tipeo en el texto original y aún no
había sido revisada!)

Si deseas probar el paquete e informar de cualquier problema, o si
tienes ideas sobre cómo mejorarlo, puedes participar en el debate en
los[*issues* abiertos](https://github.com/eliocamp/rhelpi18n/issues) del
paquete y uniéndote al [Grupo de trabajo de documentación
multilingüe](https://github.com/RConsortium/multilingual-documentation-wg).¡Ayúdanos!

::: {.footnotes role="doc-endnotes"}

------------------------------------------------------------------------

1. ::: {#fn:1}
 La cita real es "Se puede utilizar el campo 'Language' para indicar
 si la documentación del paquete no está en inglés", lo que indica
 que el inglés sigue siendo el supuesto por
 defecto. [↩︎](#fnref:1){.footnote-backref role="doc-backlink"}
 :::

2. ::: {#fn:2}
 El nombre proviene del
 [Numerónimo](https://es.wikipedia.org/wiki/Numer%C3%B3nimo) de
 "internacionalización". [↩︎](#fnref:2){.footnote-backref
 role="doc-backlink"}
 :::
:::