Open Tools and R Packages for Open Science

Mauro Lepore

Hace poco Yanina Bellini Saibene nos recordó actualizar el perfil de Slack: Después de hacer eso, decidí actualizar mis fotos de perfil en el sitio web de rOpenSci, y termine aprendiendo algunos trucos de git que voy a compartir acá.

Trucos de Git para trabajar con repositorios grandes

Yanina Bellini Saibene

Sébastien Rochette

Alejandra Bellini

Lucio Casalla

Steffi LaZerte

Este es el segundo artículo de nuestra serie de entrevistas “Conociendo a las estrellas del universo R”. Nuestro objetivo es presentar a los grupos de trabajo y a las personas que están detrás del desarrollo de software y paquetes que utilizamos y que están disponibles a través del R-Universe.

Aprender, ayudar y compartir. El método de ThinkR para crear una comunidad cada vez más grande y amigable de R

Pachá (aka Mauricio Vargas Sepúlveda)

Resumen censo2017 es un paquete en R diseñado paraorganizar los archivos Redatam

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proporcionados por el Instituto Nacional de Estadísticas de Chile en formatoDVD

 2

. Este paquete fue inspirado por citesdb(Noam Ross, 2020) y taxadb(Carl Boettiger et al, 2021).Esta entrada trata sobre este paquete, elproblema que resuelve, cómo usarlo, y el hecho de que el paquete y su proceso derevisión se hicieron íntegramente enespañol.

La Historia de censo2017, el Primer Paquete de rOpenSci Revisado en Español

Maëlle Salmon

Como parte de nuestro proyecto editorial multilingüe y con financiación del Consorcio R hemos trabajado en el paquete R babeldown para traducir contenido basado en Markdown utilizando la API de DeepL.En esta nota técnica, mostraremos cómo puedes utilizar babeldown para traducir un artículo de blog que utiliza Hugo.

Cómo traducir un artículo de blog de Hugo con Babeldown

¡Nos complace abrir la convocatoria para la segunda cohorte de

 Campeonas/es y Mentoras/es

para el Programa de rOpenSci 🎉 ! Este programa continuará apoyando nuestro objetivo de identificar, reconocer y recompensar a los miembros apasionados de la comunidad que ayudan a la comunidad a crecer y mejorar.

¡Convocatoria abierta para la presentación de candidaturas al Programa de Campeonas y Campeones de rOpenSci!

Karthik Ram

Estimada comunidad rOpenSci,  Este es un anuncio un poco agridulce… después de casi 13 años, es hora de que me retire como Director Ejecutivo de rOpenSci. En el verano de 2011 cofundé rOpenSci junto con un grupo de colegas dedicados. Lo que comenzó como una colaboración informal entre entusiastas de la ciencia abierta evolucionó rápidamente hacia algo mucho más significativo.

Del Director Fundador: Mi despedida de rOpenSci

Resumen   Este artículo trata sobre los usos sorprendentes que he observado y las preguntasque recibo sobre el paquete R censo2017, una herramienta paraacceder a los datos del censo chileno de 2017, que he recibido desde que fue revisado por paresa través de rOpenSci hace un año.

Usos interesantes de censo2017 un año después de su publicación

El Universo R es utilizado por profesionales de distintos ámbitos, aunque todos persiguen el mismo objetivo:

 ofrecer sus paquetes de R de manera simple y accesible

. Desde rOpenSci trabajamos para ofrecer herramientas que faciliten el acceso a datos y software de investigación generado con buenas prácticas de desarrollo de software y en una comunidad amigable.

El multiverso de rOpenSci

Juan Pablo Ruiz Nicolini

Corría el año 2015, un estudiante de maestría de Ciencia Política tenía que procesar datos para entregar su tésis y decidió aprovechar la oportunidad para aprender a usar R. Al largo y tortuoso camino del requisito académico se agregó un grado de dificultad extra: incorporar un software de programación desde cero, con una curva de aprendizaje algo empinada.

Divide y venceras: de polar al Polarverse

R es un lenguaje y un entorno para la computación estadística.Existen varias herramientas y enfoques para interactuar con R, pero no todos son accesibles con lectores de pantalla.Esta guía proporciona una visión general de las herramientas y técnicas disponibles para las personas que usan lectores de pantalla en diferentes sistemas operativos, con consejos prácticos y recursos para ayudarles a navegar por el entorno R.Puede que esta guía no esté

Recursos para utilizar R con lectores de pantalla

Twitter es una de las plataformas y redes sociales preferidas por la comunidad de R y por las comunidades de datos, ciencia abierta e investigación. Desde el comienzo de rOpenSci hemos utilizado Twitter para conectarnos con nuestra comunidad y otras comunidades similares, para compartir lo que hacemos y para formar parte de las conversaciones en torno a los temas importantes para nuestra misión.

Canales de comunicación de rOpenSci: Twitter

¿Porqué un programa de Campeones y Campeonas? Estos programas se diseñan para identificar, reconocer y premiar a miembros apasionados de nuestras comunidades. En rOpenSci, reconocemos que existe una consternadora falta de diversidad en el ecosistema de las comunidades de software de investigación y de código abierto. La Comunidad R no es una excepción;

¡Anunciamos el programa de Campeones y Campeonas de rOpenSci!

Noam Ross

Me complace, emociona y llena de humildad anunciar que asumo el cargo de Director Ejecutivo de rOpenSci a partir del 1 de Abril. En primer lugar, permítanme expresar mi gratitud a nuestro Director Ejecutivo saliente y amigo Karthik Ram por su liderazgo y tutoría al frente de rOpenSci durante la última década. Ha sido una mano firme y un visionario que ha ayudado a nuestra comunidad a lograr tanto juntos en este tiempo.

Hola de nuestro nuevo Director Ejecutivo

Elio Campitelli

Marcos Prunello

Pao Corrales

Las personas

 campeonas

de una comunidad son

 personas que asumen una mayor responsabilidad en el éxito, la sostenibilidad y/o el funcionamiento de una comunidad

.

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rOpenSci desarrolla un programa de campeones y campeonas enfocado y pensado para que participen personas que pertenecen a grupos histórica y sistemáticamente excluidos de las comunidades de software abierto y de software de investigación.

Participación  Latinoamérica en el Programa de Campeonas y Campeones de rOpenSci

Un nuevo artículo de nuestra serie de entrevistas “Conociendo a las estrellas del universo R”. Nuestro objetivo es presentar a los equipos y personas que están detrás del desarrollo de software y paquetes que utilizamos y que están disponibles a través del R-universe. Queremos destacar y explorar diferentes equipos y proyectos de todo el mundo, el trabajo que realizan, sus procesos y usuarios.

Conociendo a las estrellas del Universo R: El universo R contra las enfermedades.

Tal como lo anticipamos en noviembre del 2022 los cambios aplicados en Twitter han generado un espacio menos seguro y amigable para nuestra comunidad. Es por eso que a partir de

 Junio de 2023

, dejaremos de interactuar en esa plataforma. Mantendremos la cuenta con la esperanza de poder volver cuando Twitter vuelva a ser un espacio seguro y solidario, pero mientras tanto centraremos nuestros esfuerzos de comunicación en otros lugares.

Los canales de comunicación de rOpenSci para un intercambio seguro y amigable

Conociendo a las estrellas del Universo R: PEcAn, un proyecto de código abierto para cuidar el planeta

Conociendo a las estrellas del Universo R: Investigando nuestro cerebro con la magia del universo R

¡El programa de campeones arrancó con todo este 2023! Nos complace informar sobre los dos primeros meses de nuestro primer programa de campeones y campeonas. En septiembre de 2022 hicimos el lanzamiento del programa, anunciando el llamado a aplicar a personas que quisieran participar. Recibimos un total de 102 solicitudes de 31 países diferentes.

Puntapié inicial de nuestro programa de campeonas y campeones

Jeroen Ooms

Encontrar la herramienta adecuada para el trabajo   Lo más difícil de usar R con eficacia es encontrar los mejores paquetes para el problema que intentas resolver. Creo que esto es incluso, más importante que dominar el lenguaje en sí. Cosa que irás adquiriendo a medida que empieces a utilizar R con más frecuencia.

Descubrir y aprender todo lo que hay que saber sobre los paquetes de R utilizando r-universe

Esta entrada del blog pretende ayudarte a iniciarte en la comunidad rOpenSci destacando algunos links y actividades clave. Si tienes alguna pregunta, no dudes en ponerte en contacto con nuestra Community Manager, Yanina Bellini Saibene por correo electrónico o programa una reunión con ella. Estamos a tu disposición para que comiences tu camino con nuestra comunidad. ¡Te damos la bienvenida! ¿Por dónde empiezo?

Cómo participar en rOpenSci

En rOpenSci, creamos y curamos software para ayudar a quienes hacen ciencia en el ciclo de vida de los datos. Estas herramientas acceden, descargan, gestionan y archivan datos científicos de forma abierta y reproducible. Desde el principio, nos dimos cuenta de que esto sólo podía ser un esfuerzo comunitario.

Cómo rOpenSci utiliza la revisión de código para promover la ciencia reproducible

Nos agrada anunciar que, con el aporte de Chan Zuckerberg Initiative, NumFOCUS y R Consortium, estamos comenzando el proceso de traducir los materiales de rOpenSci sobre buenas prácticas de desarrollo de software, revisión de código y contribución a proyectos de código abierto al español.Como parte de este esfuerzo, también estamos desarrollando guías y herramientas para traducir recursos de código abierto y alcanzar una mayor audiencia.

Agrandando nuestra comunidad con publicaciones multi-idioma

Los procesos de revisión de software y revisión de software estadístico que realizamos en rOpenSci dependen del trabajo voluntario de quienes realizan estas tareas de revisión y edición.El equipo editorial gestiona el flujo diario de envíos, recluta personas para revisar y guía el proceso de revisión por pares de principio a fin.

Desafíos y soluciones editoriales en la revisión por pares de software

Durante useR! 2021 Jeroen Ooms presentó el proyecto universo R en su

 keynote

.Comentó sobre el proyecto, los casos de uso y repasó las instrucciones para crear tu propio

 universo-r

. En este post the explico como crear el tuyo a partir de la experiencia de crear el mio.

Creando Tu R-universe

Nos complace anunciar el nuevo Grupo de Trabajo de Documentación Multilingüe del R Consortium.Este Grupo de Trabajo surgió luego de varias conversaciones durante el R Project Sprint 2023 y supervisará la implementación del soporte de documentación multilingüe en R y organizará los esfuerzos de traducción de la comunidad.Nuestro primer proyecto es el paquete (experimental)

 rhelpi18n

que añade soporte en R para el uso de

Documentación multilingüe en paquetes de R

Las orientaciones de la Revisión por Pares de Software de rOpenSci se compilan en un libro en línea que sigue mejorando.Esta articulo de blog resume las novedades de nuestra Guía de Desarrollo 0.9.0, con todos los cambios enumerados en la sección registro de cambios.¡Ahora disponible en español!

rOpenSci Dev Guide 0.9.0: ¡Ahora multilingüe! Y mejor

Esta es la primera entrega de nuestra serie de entrevistas

 “Conociendo a las estrellas del universo R”

. Tenemos como objetivo introducir los grupos de trabajo y las personas que están detrás del desarrollo del software y paquetes que muchos utilizamos y que se encuentran disponibles en

 R-Universe

. Queremos resaltar y conocer diferentes proyectos alrededor del mundo, el trabajo que hacen, sus procesos y usuarios.

Conociendo a las estrellas del universo R: comunidad R, intercambiar y aprender

¡Hola! Soy Yanina Bellini Saibene, tu nueva Community Manager. Estoy muy entusiasmada de unirme a rOpenSci con este rol y así poder apoyar un proyecto tan importante en la ciencia abierta y en la Comunidad R.  Cuando vi la convocatoria para el puesto, pensé que mis más de 20 años de experiencia trabajando en comunidades, siendo profesora e investigadora se alineaban perfectamente.

Presentamos a la nueva Community Manager de rOpenSci, Yanina Bellini Saibene

rOpenSci - herramientas abiertas para una ciencia abierta

Los procesos de [revisión de software](/software-review/) y [revisión de
software estadístico](/stat-software-review/) que realizamos en rOpenSci
dependen del trabajo voluntario de quienes realizan estas tareas de
revisión y edición.El equipo editorial gestiona el flujo diario de
envíos, recluta personas para revisar y guía el proceso de revisión por
pares de principio a fin. (Su función, al igual que gran parte de
nuestro proceso, está [explicado en la Guía de desarrollo de
rOpenSci](https://devguide.ropensci.org/editorguide.html)). Aunque
muchos miembros de nuestra comunidad ya han participado en el proceso de
revisión por pares, sólo unos pocos han participado en los roles de
edición. En este artículo queremos mostrar algunos de los desafíos a los
que se enfrenta nuestro equipo editorial, y algunas de las soluciones
que hemos encontrado a lo largo de los años, para hacer más transparente
esta parte de nuestro trabajo.

## Decisiones sobre el alcance

Después de presentar un paquete, antes de que se le asigne una persona
en rol de edición y personas para revisarlo, la persona encargada de
recibir envíos tiene que evaluar si éste se encuentra *dentro del ámbito
de aplicación* para el proceso de revisión. Tradicionalmente, el
[alcance](https://devguide.ropensci.org/policies.html#aims-and-scope) de
rOpenSci se ha centrado en los paquetes que gestionan el ciclo de vida
de los datos de investigación. Esto es así tanto para que los paquetes
de rOpenSci formen un conjunto coherente de herramientas, como para
limitarnos a los paquetes que nuestro equipo editorial y de revisión
puedan revisar con los estándares y la experiencia pertinentes.

Las decisiones sobre el alcance pueden ser complicadas, y aunque no hay
forma de evitar esa complejidad, descubrimos que se hace más fácil con
el tiempo al poder refinar las [descripciones de
alcance](https://devguide.ropensci.org/policies.html#aims-and-scope) ya
que hemos visto más casos límite.Una mejor redacción y ejemplos también
ayudan a quienes mantienen el paquete a evaluar su posible alcance antes
de presentarlo. Ahora que nuestro alcance se está [ampliando para
incluir paquetes
estadísticos](https://stats-devguide.ropensci.org/overview.html#overview-categories)
y esperamos seguir perfeccionando estas categorías en los próximos meses
y años.

Cuando el alcance de un paquete es ambiguo, el equipo editorial discute
la situación en el canal editorial de Slack para llegar a un consenso.En
estas discusiones, reconocemos que algunos miembros pueden tener más
experiencia en algunos temas, y a veces incluso consultamos a personas
expertas en la materia externas al consejo para obtener más información.

Hay que tener en cuenta que recomendamos presentar una *consulta previa
al envío para revisión* antes de un envío completo, para despejar
cualquier duda sobre el alcance.

## Reclutar y sustituir personas revisoras

La revisión de un paquete requiere un tiempo precioso de la apretada
agenda de las personas que revisan.Esperamos que la experiencia resulte
valiosa (y tratamos de facilitarla con nuestra [guía de
revisión](https://devguide.ropensci.org/reviewerguide.html)), pero
reconocemos que es una tarea ardua, que exige más o menos el mismo
tiempo que la revisión de un artículo científico.Nuestra lista de
[criterios para elegir personas para revisar
paquetes](https://devguide.ropensci.org/editorguide.html#criteria-for-choosing-a-reviewer)
busca garantizar la diversidad (tanto en habilidades como en
antecedentes), y crear continuamente un grupo de personas experimentadas
en revisar sin sobrecargar a ninguna de ellas. Sin embargo, dificulta
aún más la tarea de encontrar personas disponibles.

El año pasado lanzamos un [nuevo formulario para proponerse para
realizar
revisiones](/blog/2021/11/18/devguide-0.7.0/#a-new-form-for-volunteer-reviewing)
que nos permite recolectar datos más precisos sobre la experiencia
técnica y temática, así como una pregunta opcional: "¿Te consideras
parte de un grupo subrepresentado en los campos de la ciencia de los
datos, la programación o en tu campo de trabajo principal?Mantenemos
esta información en una base de datos (gestionada con Airtable), junto
con el historial de revisiones de cada persona.Esta base de datos es un
recurso para el equipo editorial cuando se necesitan personas con una
experiencia, una formación o una disponibilidad particulares.

Cuando esto no es suficiente, por ejemplo, después de repetidas
negativas o falta de respuesta de parte de posibles personas, quien es
responsable de la revisión del paquete puede pedir recomendaciones al
resto del equipo editorial en nuestro canal de Slack. (Parte del equipo
también participa en la edición de revistas científicas tradicionales, y
desearíamos poder tener una charla tan útil con el resto del equipo
allí).

Un reto a la hora de ponerse en contacto con las personas que pueden
revisar es saber cuándo hay que seguir adelante después de esperar una
respuesta. Así que hemos añadido "Si no tengo noticias tuyas en el plazo
de una semana, asumiré que no puedes revisar en este momento" a nuestra
[plantilla de solicitud de revisión
estándar](https://devguide.ropensci.org/reviewrequesttemplate.html).
Esto pone a todo el mundo en la misma página y proporciona claridad
tanto a quienes editan como a quienes potencialmente revisarían.

Por último, cuando la persona que revisa abandona el proceso de revisión
(o ya no se puede contactarla)la persona encargada de la edición busca
alguien como reemplazo, a menudo una persona a la que se le puede pedir
un plazo breve (por ejemplo, alguien del equipo de edición), o ella
misma realiza la segunda revisión.El objetivo es no retrasar demasiado
el proceso de revisión.

## Responsables de paquetes que abandonan

Es una situación más triste cuando las persona *responsable del paquete*
deja de responder, ya que hay que detener el proceso de revisión.Es
especialmente decepcionante cuando ocurre después de las revisiones, ya
que las personas que revisaron pueden sentir que su trabajo se ha
desperdiciado.Al final, no podemos hacer nada al respecto, ya que está
fuera del control del equipo de edición y revisión (y de quienes
mantienen el paquete).

Sin embargo, para evitar problemas sencillos de comunicaciones que se
pierden, recomendamos que asegurarse de recibir notificaciones de
GitHub, porque intentamos una comunicación transparente a través de
GitHub y no solemos utilizar el correo electrónico.Para hacer frente a
problemas más importantes relacionados con el tiempo y el compromiso
sobre el paquete, hemos añadido recientemente frases a (la versión de
desarrollo de) la [guía de
autoría](https://devdevguide.netlify.app/authors-guide.html) y a las
plantillas de envío: "Espero mantener este paquete durante al menos 2
años o encontrar alguien que me sustituya".Aunque esto no evitará todos
los problemas, esperamos que incite a pensar en el mantenimiento del
paquete a largo plazo antes de enviarlo para su revisión.

También entendemos que, aunque quienes envían un paquete tengan buenas
intenciones, la vida puede complicarse inesperadamente.Por lo tanto,
otro esfuerzo que hacemos es poner las revisiones "en espera" (aplicando
etiquetas de "en espera") según sea necesario.Estas etiquetas de trabajo
suspendido se revisan cada tres meses y hasta un año.

## Sobrecarga de trabajo del equipo editorial (y de revisión)

La revisión de software es un trabajo en equipo: personas que editan,
revisan y, obviamente, mantienen el paquete.

Para reducir el trabajo de quienes editan en particular, hemos mejorado
la automatización, que fue el tema de una charla con la comunidad,
["Mejorar la revisión por pares del software con la automatización de
GitHub"](/commcalls/dec2021-automation/).rOpenSci ha trabajado con The
Journal of Open Source Software para ampliar el enfoque de JOSS de la
publicación impulsada por chatops en un nuevo chat-bot de GitHub que
gestiona nuestro proceso editorial: asignar tareas, etiquetar temas,
ejecutar pruebas en los envíos de software, devolver informes a quienes
revisan y editan, y registrar las revisiones en una base de datos
externa (Airtable). Todo se puede hacer desde la comodidad de un
comentario en un issue de GitHub.Por ejemplo, podrías clonar un
repositorio localmente, instalar dependencias, ejecutar comprobaciones y
publicar manualmente los resultados... **o** podrías simplemente
escribir lo siguiente en un comentario en un *issue* de GitHub:

``` {tabindex="0"}
@ropensci-review-bot check package
```

Del mismo modo, puedes utilizar el siguiente comando para registrar a la
persona que revisa en los metadatos del *issue* de la revisión, así como
en nuestra base de datos Airtable.

``` {tabindex="0"}
@ropensci-review-bot add @maelle to reviewers
```

Una gran parte de la limitación de la carga de trabajo de quienes editan
es ¡tener suficientes personas en ese rol! Hemos estado [ampliando
nuestro equipo editorial](/tags/editors/) con el objetivo de que cada
miembro sólo se ocupe de [unos 4 envíos al
año](https://devdevguide.netlify.app/editorguide.html#editors-responsabilities).  
A medida que nuestro volumen de envíos crece y las personas que editan
van rotando (pedimos compromisos de 2 años con opción de renovación),
reclutamos nuevas personas para el equipo de edición, en gran parte
seleccionadas de nuestro equipo de revisión.Invitamos a personas con
experiencia en revisar paquetes a editar de forma invitada y les
preguntamos si quieren quedarse si todo funciona bien.  
Nuestra [guía de
edición](https://devguide.ropensci.org/editorguide.html) facilita la
incorporación de las nuevas personas al equipo... y la incorporación de
nuevas personas que van a editar da lugar a comentarios sobre esa guía
y, por tanto, a su mejora.Si quieres probar editar ¡[empieza por
ofrecerte para revisar](/software-reviewer)!

## Conclusión

Hemos resumido algunos de los problemas habituales de nuestro equipo
editorial.Hemos comprobado que es muy importante automatizar los
procesos, pero también que quienes editan puedan comunicarse
directamente entre sí para encontrar soluciones, así como para
acompañarse y animarse mutuamente.A medida que continúe la revisión del
software, seguramente nos encontraremos con nuevos retos que
abordar.Esperamos que nuestras experiencias sean útiles para quienes
editen en el futuro y que puedan ayudar a informar a otros consejos
editoriales.
