The SAMtools suite of tools for manipulating sequencing data one of the most ubiquitous tools in bioinformatics, as the “glue” holding together much of bioinformatics we see it used in pretty much every genomics pipeline we are submitted.
Out today in GigaScience is ShinyLearner, a new tool to make it easier to perform benchmark comparisons of classification algorithms. This tool stands out by making this process super systematic and reproducible, and despite needing to interface with many different libraries and languages it uses software containers (and a CodeOcean demo) so end users don’t need to worry about this complexity.
The free online book Open Forensic Science in R was created to foster open science practices in the forensic science community.
We tend to know a good open source research software project when we see it: The code is well-documented, users contribute back to the project, the software is licensed and citable, and the community interacts and co-produces in a healthy, productive fashion.
In verschiedenen internationalen Workshops artikulierte sich das Bedürfnis nach einer einheitlichen und offenen Lösung für Organization Identifiers. Daraus bildete sich 2017 unter dem Lead von ORCID, Crossref & Datacite eine Working Group, welche zunächst eine Übersicht mit Vor und Nachteilen der vorhandenen Systeme zusammenstellte. Ebenso wurden Empfehlungen hinsichtlich Governance und Scope einer neuen Lösung vorgeschlagen.
Die deutschen Wissenschaftsorganisationen haben heute einen “Appell zur Nutzung offener Lizenzen in der Wissenschaft” veröffentlicht. In diesem heißt es: In dem Appell wird darüber hinaus auch die Empfehlung zur Nutzung von Creative-Commons-Lizenzen gegeben. Dabei werden für unterschiedliche Publikationstypen (z. B. Textpublikationen, wissenschaftlicher Software, Metadaten) relevante Lizenzen erwähnt.
Sheer Heart Attack Diagnosis is key to beginning treatment for preventing coronary heart disease, the most common cause of heart attacks. One useful tool in the fight against this leading killer is magnetic resonance imaging, which allows the direct examination of blood flow to the myocardium of the heart.
Bereits im Mai hat das Abgeordnetenhaus Berlin einstimmig einen Antrag zur Entwicklung einer Open-Access-Strategie für das Land Berlin verabschiedet. Mit diesem Schritt will Berlin den offenen Zugang zu wissenschaftlichen Ergebnissen, die an den Hochschulen und Forschungseinrichtungen der Hauptstadt entstehen, vorantreiben.
Mit Blick auf die Diskussionen um Open Science ist es dringend notwendig die Erfassung und Bewertung von Forschungsleistungen breiter zu fassen. Der Beschluss der National Science Foundation (NSF) unter dem Begriff „Products“ nicht mehr nur textuelle Publikationen, sondern darüber hinaus auch Forschungsdaten und Software als wissenschaftlichen Output bei der Antragstellung zu erfassen, ist ein überaus wichtiger Beitrag zur Förderung
The software code that is written to support and manage research sits at a critical intersection of our developing practice of shared, reproducible, and re-useble research in the 21st century.