Bulletin de veille n° 6

Billet rédigé par ✏️ Raphaël Grolimund, ✏️ Alain Marois et ✏️ Pascal Martinolli

Nous vous avons laissé presque sans nouvelle en 2023, mais nous comptons nous rattraper en 2024. La sortie de Zotero 7 est pour bientôt, mais Zotero 6 encore notre quotidien. Voici donc quelques fonctionnalités, astuces et lectures glanées ces derniers mois et qui pourraient vous intéresser. Bonne lecture !

Sommaire

• Fonctionnalités, modules et interface
  • Prise en charge nouveaux types de document dans Zotero
  • Zotero 7
  • ZoteroRnalysis
• Trucs et astuces
  • Développer sa requête grâce à Zotero Tag
• Lectures
  • KNIMEZoBot: Enhancing Literature Review with Zotero and KNIME OpenAI Integration using Retrieval-Augmented Generation
  • Zotero et Obsidian
  • L'auto-bibliographie tranquille : HAL, ORCID, Zotero

Fonctionnalités, modules et interface

Prise en charge nouveaux types de document dans Zotero

La mise à jour vers la version 6 de Zotero n'a pas seulement apporté de nouvelles fonctionnalités, plusieurs nouveaux types de document ont également été intégrés.

Vous pouvez ainsi collecter des prépublications (depuis la v6.0), des données et des normes (depuis la v6.0.24).
Les ressources comme arXiv ou bioRxiv pour les prépublications ou Zenodo pour les jeux de données de recherche sont compatibles et vous permettent de décrire facilement et précisément ce type de document d'un seul clic, sans manipulation supplémentaire.

Zotero 7

La future version 7 de Zotero, annoncée en mai dernier sur le forum, n'apporte pas de nouvelle fonctionnalité majeure, mais le code étant revu de fond en comble, les modules complémentaires devront être réécrits. Il est donc prévisible que certains d'entre eux ne soient plus compatibles, pour un temps ou définitivement, au passage à Zotero 7 (comme Zotfile).
Notez que les développeurs de BetterBibTeX ou d'Actions and Tags for Zotero ont déjà annoncé la compatibilité de leur module avec la future version 7.

Au-delà de ce changement "de fond", l'interface va, elle, aussi changer et ressemblera beaucoup à la version web.

La navigation par onglets disparaît complètement au profit d'une navigation par défilement vertical. Dernier point: les Préférences de Zotero seront renommées Paramètres.

Toutes ces modifications nécessiteront pas mal de travail de mise à jour de la documentation officielle bien sûr, mais aussi de la documentation francophone. Si vous êtes motivé·e·s à nous aider, vous êtes bienvenu·e·s.

ZoteroRnalysis

Références bibliographiques :

• Martinolli, Pascal. 2023. « ZoteroRnalysis : Analyzing a Zotero library of references with R Studio & with reconciled data from Wikidata/OpenRefine ». GitHub. https://github.com/pmartinolli/ZoteroRnalysis
• Martinolli, Pascal. 2024. « ZoteroJSnalysis: Analyzing your Zotero library of references with Javascript ». ObservableHQ. https://observablehq.com/@pascaliensis/zoterojsnalysis

ZoteroRnalysis est un code informatique dans le langage R qui permet d'analyser votre bibliothèque de références et de produire des graphiques ou des tableaux de données. Vous pouvez ainsi avoir une vue synthétique et une meilleure représentation de l'ensemble de vos références.

Le langage R et le logiciel R Studio qui permet de le manipuler sont open source. Il faut installer les deux. Ce language est populaire dans le monde universitaire pour lancer des traitements statistiques sur des jeux de données.

Dans le cas présent, ce code va utiliser une extraction de votre bibliothèque Zotero sous la forme d'un fichier csv et il va produire des graphiques en pdf et des tableaux en csv : les auteurs, les maisons d'édition ou les revues les plus mentionnés, les marqueurs les plus utilisés et répartis dans le temps, voire la distribution du nombre de pages de mémoires et de thèses. Pour bien fonctionner, il faut que votre bibliothèque de références soit bien indexée, qu'elle ait une certaine cohérence et qu'elle ait un certain volume (plusieurs centaines de références sur un sujet).

Il existe une fonctionnalité supplémentaire qui utilise le logiciel OpenRefine pour aller enrichir des données à partir de données existantes dans Wikidata. À partir d'une série d'institutions, il est par exemple possible d'aller chercher le pays de celles-ci dans un processus qui s'appelle "la réconciliation de données". Pour le moment, ce processus n'est pas expliqué dans le code.

Une version plus facile d'utilisation est disponible en javascript sur la plateforme ObservableHQ. Sans rien installer, un utilisateur peut s'y créer un compte, dupliquer le code et y verser sa bibliothèque (à la vue de tous avec un compte gratuit).

Trucs et astuces

Développer sa requête grâce à Zotero Tag

Dans le cadre d'une revue de littérature en général, et d'une revue systématique en particulier (voir billet Zotero pour les revues de littérature), Zotero peut être très utile pour trouver des mots-clés auxquels vous n'avez pas pensé.

Il vous faut pour cela avoir…

1. une équation de base comprenant tous les concepts à traiter et des mots-clés pertinents
2. installé le module Zotero Tag v0.3.0

Après avoir testé votre équation de base dans quelques bases de données et récupéré tous les résultats ainsi obtenus dans une bibliothèque Zotero, vous pouvez extraire les mots-clés associés aux références importées. Pour cela, sélectionnez les références, faites un clic-droit, sélectionnez Manage Tags et cliquez sur le bouton Export Tags.
Le fichier CSV qui en résulte inclut la liste des mots-clés et le nombre de références auxquelles il est associé. Il est donc facile de classer les mots-clés du plus au moins utilisé et de passer en revue les plus utilisés.

Notez que la version 0.3.0 du module s'appelle Zotero Tag et qu'elle est compatible avec Zotero 6. Les versions 1.0.x, nommées Actions and Tags for Zotero sont compatibles avec Zotero 7 et les fonctionnalités du module évoluent.

Lectures

KNIMEZoBot: Enhancing Literature Review with Zotero and KNIME OpenAI Integration using Retrieval-Augmented Generation

Dans ce preprint déposé sur arXiv le 7 nov. 2023, des chercheur·euse·s américain·e·s et saoudien·ne·s présentent un dispositif permettant d'interroger les documents d'une bibliothèque Zotero en langage naturel. Basé sur KNIME et les APIs d'OpenAI (ChatGPT) et de Zotero, le dispositif est présenté comme une piste prometteuse pour aider les chercheur·euse·s à synthétiser leur revue de la littérature.

Le dépôt Github du projet est ici: https://github.com/dayanjan-lab/KNIMEZoBot

ALSHAMMARI, Suad et al., 2023. KNIMEZoBot: Enhancing Literature Review with Zotero and KNIME OpenAI Integration using Retrieval-Augmented Generation. arXiv. arXiv:2311.04310. DOI 10.48550/arXiv.2311.04310.

Zotero et Obsidian

Bibliopea, un carnet de recherche de Pierre Musitelli, présente plusieurs méthodes de travail numérique pour rédiger et organiser sa documentation à partir de Zotero, d'Obsidian, de Zettlr et du format Markdown.

Nous avons testé et nous avons retenu deux billets pratiques pour citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr et pour automatiser la création de fiches bibliographiques issues de Zotero dans Obsidian. Ces méthodes utilisent principalement l'extension Better BibTeX pour produire un fichier d'échange entre Zotero et Zettlr ou Obsidian. Très détaillés, les billets sont accompagnés d'exemples concrets et de discussions sur leurs applications pratiques. Nous n'avons pas pu mettre à jour les références générées une première fois par BibNotes Formatter.

Ces méthodes de travail numérique sont proches de la philosophie File over App commentée par le PDG d'Obsidian. On pourrait traduire cette expression par « un système de travail basé sur les fichiers (ouverts et interopérables) plutôt que sur les programmes ». Ce système permet de faire dialoguer et interagir plusieurs programmes entre eux sans être dépendant ni être conditionné par un programme en particulier.

L'auto-bibliographie tranquille : HAL, ORCID, Zotero

Perret Arthur, « L'auto-bibliographie tranquille : HAL, ORCID, Zotero », arthurperret.fr, 21 novembre 2023, consulté le 28 novembre 2023, URL :  https://www.arthurperret.fr/blog/2023-11-21-auto-bibliographie-tranquille-avec-hal-et-zotero.html.

Dans ce court billet de blog, Arthur Perret (MCF Univ. Lyon 3, laboratoire Elico) expose son workflow de constitution de sa bibiographie personnelle (son "auto-bibliographie"), où Zotero figure en dernier maillon.

Y est exposé l'avantage de saisir des métadonnées de qualité dans une base – l'archive ouverte HAL – compatible avec Zotero et par ailleurs connectée à OrcID. Arthur en profite pour évoquer la fonctionnalité "Mes publications" de Zotero peu mise en avant et pointe dans ce billet l'économie de moyens permise par l'utilisation ordonnée de ces trois outils. Ce billet est donc un retour de terrain efficace d'un enseignant-chercheur à garder sous le coude pour illustration si l'on est formateur à Zotero ou HAL et pour sensibiliser à une gestion efficace de son identité numérique de chercheur.

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